На чердаке дачи своих сторонников под Тулой компетентными органами 6 октября 1993 года был обнаружен, а на следующий день арестован скрывавшийся после кровавых событий в Москве лидер «Трудовой России» Виктор Анпилов. Операция проводилась совместными силами Федеральной службы безопасности и УВД.
Для центральной прессы рассказывалось о целой поисковой операции, в ходе которой Виктора Ивановича нашли на даче в районе Прилеп у своей московской сторонницы, где он бывал и прежде. Хотя на самом деле все началось с банального звонка в редакцию тульской газеты. Анпилова кто-то сдал то ли из своих, то ли из случайных свидетелей. Он был арестован первым из скрывавшихся лидеров обороны Белого дома. Охраны и оружия при нем не было. Сопротивления Виктор Иванович не оказал. При обыске у него конфисковали рукопись, в которой он излагал собственную версию последних событий. Задержанного Анпилова и хозяев дачи этапировали в Москву.
Виктор Анпилов был патриотом-экстремалом, настоящим народным трибуном, способным вывести на улицу десятки тысяч людей. В том 1993 году в течение года он неоднократно призывал к насильственному захвату власти. Принимал активное участие в октябрьских событиях со штурмом московской мэрии и останкинского телецентра.
В Лефортово его поместили в ту же камеру, в которой сидела когда-то лидер «Демократического союза» Валерия Новодворская. Пока шло следствие, изучал японский язык и писал книгу «Лефортовские диалоги». Через полгода был освобожден по амнистии, решение о которой приняла Государственная дума
В 2000-е страстный борец с ельцинизмом практически ушел с политической арены и пал жертвой революции в своей же собственной политической вотчине – в 2004 году с лидеров основанной им «Трудовой России» его сместило за недостаточный радикализм молодежное крыло движения. Позже, впрочем, он и сам считал, что нет смысла участвовать в «акциях, которые проводятся без цели, без программы и непонятно зачем», имея в виду прежде всего «Марши несогласных», на которые он несколько раз выходил. В 2012 году поддержал на митинге Владимира Жириновского как сторонника парламентской республики и был доверенным лицом лидера ЛДПР на выборах Президента России.
В 2014 году поддержал присоединение Крыма к России.
За неделю до смерти, 7 января 2018 года, Анпилова задержали на Красной площади сотрудники полиции за одиночный пикет в поддержку кандидата от коммунистов.
Скончался 15 января 2018 года после обширного инсульта.